Nossa história teve início em 1997, quando Deus enviou à São Carlos para plantar uma igreja o pastor Carlos Baptista da Igreja Evangélica Projeto Raízes de Ribeirão Preto. No começo foi um trabalho pequeno feito por alguns irmãos de ambas as cidades, o local das reuniões era a garagem de um irmão. O pastor Carlos, juntamente com sua família, vinha de sua cidade todos os domingos para ministrar o louvor e o Sermão. Deus abençoou o trabalho, e em 2003 através da orientação do pastor Carlos Baptista, os pastores Adi Borges, Petrus Nóbrega e Reginaldo Cresencio assumiram a congregação formando um colegiado de pastores, coincidindo com o afastamento do pastor Carlos que retorna para a igreja de Ribeirão Preto, concentrando ali seus esforços, dons e talentos dados por Deus.

Em 2004, o pastor Petrus termina seu doutorado na USP e retorna com sua família para Natal, sua cidade de origem. Neste mesmo ano, o pastor Dennis Gonçalves assume a vaga colaborando durante um ano até assumir o pastorado da Igreja Batista Central na cidade de Rio Claro. No ano de 2006, o pastor Adi se desliga da igreja para colaborar com os irmãos metodistas. Em 2008, o irmão André Monteiro é ordenado pela igreja e passa a compor o corpo de presbíteros, trabalho que fez até o ano de 2010 quando o mesmo, se desligou do ministério pastoral para trabalhar com missões na Igreja Presbiteriana. Nesse ínterim, os membros da igreja de São Carlos através de uma assembleia, e com unanimidade dos votos, muda seu status de congregação para igreja independente, como também altera o nome para Igreja Batista Raízes. Por fim, em 2013, depois um trabalho diligente e ao mesmo tempo meticuloso, nos associamos com CRBB (Comunhão Reformada Batista do Brasil), assumindo na prática nossa Teologia Reformada, e desde então seguimos um dos lemas da Reforma advinda da famosa frase do reformado holandês Gisbertus Voetius (1589-1676) que resume bem o espírito da Reforma: 

“ECCLESIA REFORMATA ET SEMPER REFORMANDA EST” (“Igreja reformada está sempre se reformando”).