Nossa jornada teve início em 1997, quando Deus, em Sua providência, enviou o pastor Carlos Baptista da Igreja Evangélica Projeto Raízes de Ribeirão Preto para plantar uma igreja em São Carlos. Nos estágios iniciais, o trabalho era modesto, conduzido por alguns irmãos de ambas as cidades, com as reuniões realizadas na garagem de um dos fiéis. O pastor Carlos, junto com sua família, viajava de sua cidade natal todos os domingos para liderar os momentos de louvor e pregação. Sob a orientação divina, o trabalho floresceu, e em 2003, seguindo a direção do pastor Carlos Baptista, os pastores Adi Borges, Petrus Nóbrega e Reginaldo Cresencio assumiram a liderança da congregação, formando um colegiado pastoral. Isso coincidiu com a transição do pastor Carlos de volta para a igreja de Ribeirão Preto, onde ele concentrou seus dons e talentos concedidos por Deus. 

Em 2004, o pastor Petrus termina seu doutorado na USP e retorna com sua família para Natal, sua cidade de origem. Neste mesmo ano, o pastor Dennis Gonçalves assume a vaga colaborando durante um ano até assumir o pastorado da Igreja Batista Central na cidade de Rio Claro. No ano de 2006, o pastor Adi se desliga da igreja para colaborar com os irmãos metodistas. Em 2008, o irmão André Monteiro foi ordenado pela igreja e integrado ao corpo de presbíteros, um serviço que desempenhou até 2010, quando seguiu para o ministério missionário na Igreja Presbiteriana. Nesse ínterim, os membros da igreja de São Carlos através de uma assembleia, e com unanimidade dos votos, muda seu status de congregação para se tornar uma igreja independente, adotando o nome de Igreja Batista Raízes.

Por fim, em 2013, depois um trabalho diligente e ao mesmo tempo meticuloso, nos associamos com CRBB (Comunhão Reformada Batista do Brasil), assumindo na prática nossa Teologia Reformada, e desde então seguimos um dos lemas da Reforma advinda da famosa frase do reformado holandês Gisbertus Voetius (1589-1676) que resume bem o espírito da Reforma:

"ECCLESIA REFORMATA ET SEMPER REFORMANDA EST" ("Igreja reformada está sempre se reformando").